Siguiendo nuestro recorrido,llegamos al retablo mayor, obra de P. Duque Cornejo, realizado en 1730. Constituye toda una joya del arte barroco, dada la cantidad y calidad de 105 elementos que lo componen: madera tallada, lienzos, óleos sobre tablas… En el frontal de la mesa del altar se encuentra, probablemente, la mejor colección de reliquias de España. Destacan especialmente dos lienzos del siglo XVII, situados a derecha e izquierda de este retablo: Anunciación y Adoración de los pastores. Este magno conjunto escultórico aloja las figuras fundamentales dentro de la compañía de Jesús: un lienzo de la Virgen con el Niño, una escultura de la Inmaculada, otro lienzo de San Luis y uno con la efigie de San Ignacio de Loyola, dispuestas verticalmente en el eje del retablo. Podremos también observar las representaciones pictóricas sobre distintos momentos de la Vida de Jesús, escenas de la Virgen, imágenes de San José de Calasanz, San Agustin, San Joaquín…
A la izquierda del retablo mayor encontraremos el retablo dedicado al santo fundador de la compañía de Jesús, San Ignacio de Loyola. En él se nos representa en la cueva de Manresa escribiendo la primera versión del Libro de los Ejercicios Espirituales. La escultura de San Ignacio y el busto de la Virgen con el Niño son obras de P. Duque Cornejo, mientras que la ambientación escénica–animales, riscos, plantas–fue realizada por Juan de Hinestrosa.